Es könnte natürlich Probleme geben wenn man auf Teile der Registry zugreifen will auf die der aktuelle Benutzer keinen Zugriff hat. Das habe ich noch nie ausprobiert. Ich verwende diese Methode in einigen Programmen um Backups von einigen Registryzweigen zu machen (Konfiguration eigener Programme). Bisher hatte ich noch keine Probleme, allerdings waren die entsprechenden Stellen der Registry für die Benutzer auch nicht eingeschränkt.
Probiers doch einfach mal aus