Da du schreibst, du machst es über PHP, kannst du doch einfach über file_exists() prüfen, ob eine Index-Datei im Verzeichnis ist und den Code fürs Listing einfach nicht ausführen. Oder habe ich dich falsch verstanden?
Falls du das Directory Listing des Apaches nutzt, ist es meines Wissens so, dass es bei einer Index-Datei Directory Listing automatisch deaktiviert wird. Ansonsten kannst du es mit einer .htaccess im jeweiligen Verzeichnis deaktivieren. Also einfach eine .htaccess anlegen bzw. eine vorhandene ergänzen, wenn eine Index-Datei im Verzeichnis liegt:
Grüße, Matze