Theoretisch sicher möglich:
Ein Windows-Terminal-Server erzeugt bei einer neuen Anmeldung ja auch einen eigenen Desktop-Kontext für jeden Benutzer. Die Applikationen die dieser dann startet landen ja auch auf dem virtuellen Desktop und nicht auf dem normalen. Das geht also schon.
Du müsstest mal nach
CreateDesktop suchen. Viel steht dazu allerdings nicht hier im Forum drin. Da sollte Dir dann ggf. Google weiterhelfen.