Auf'm Webserver hast du doch meistens schon einen Schutz, in Form von Backups.
Am einfachsten wäre es da wohl, wenn du die Redundanz wegläßt und z.B. nach der Datenübertragung die Daten nochmal vergleichst.
z.B. auf dem Server mit einem Programm Hash's erstellst, welche vom lokalen Programm gegengeprüft werden.
Ist da ein Fehler drin, wird die Datei nochmals übertragen.
(bei "kleinen" Datenmengen kann man auch leicht die ganze Datei nochmals runterladen und vergleichen)
Falls du da selber was machen willst ...
http://de.wikipedia.org/wiki/PAR2 (Parity Files)
soweit ich das mal gesehen hab, ist das Format offen und du kannst di selber was dazu basteln (hatte damals keine Delphiimplementation dazu gefunden)