Dass durch viele Faktoren das Arbeitsverzeichnis geändert wird, ist ja klar. Genau das ist ja der Grund, weshalb man keine relativen Verzeichnisangaben benutzen sollte. (Es sei denn man weiß ganz ganz genau was man tut.)
Solange man immer absolute Verzeichnisangaben benutzt, z.B. das der Exe plus einem angehängten Unterverzeichnis, gibt es auch damit keine Probleme. Siehe auch mein entsprechender
Eintrag in der Library im DF.
// EDIT:
Ach ja: Zur Frage: Windows merkt sich das für die einzelnen Programme...
Genau deshalb sind relative Verzeichnisangaben ja so tückisch...