Da wirst du dich wohl mit der Treiberprogrammierung befassen müssen.
Richtung Dateisystem-Filter-Treiber oder so
Oder du mußt in allen Programmen die Funktionen hooken, mit welchen man auf Dateiinhalte zugreifen kann.
Windows selber bietet erstmal nur eine
API, welche einem sagt, daß und wo etwas geändert wurde.
Eventuell könnte man auch das Dateisystem fragen ... NTFS loggt ja alles Mögliche.
Vielleicht loggt das auch die Anzahl der Zugriffe.