Beim Web-
FTP wird aber wahrscheinlich eine Serverseitige (PHP/asp.net/RoR/sontswas) Anwendung laufen und ein Webformular anbieten, um Dateien hochzuladen.
In diesem Fall wird die Datei per POST an die Anwendung geschickt, und dann von der Anwendung verarbeitet und bspw. auf dem Server gespeichert.
Da du aber nichts gesagt hast à la "Ich habe ein PHP Script auf dem Server und versuche, über das Script eine Datei hochzulasen" sondern mehr sowas wie "Ich will dem Server ne Datei geben, der wird schon irgendwie wissen, was damit zu tun ist" habe ich halt mal PUT vermutet.
Btw.: PUT kann eine gewaltige Sicherheitlücke sein. Falsch konfiguriert kann ein Angreifer beliebigen Code auf dem Server ausführen
Achja ... Apache muss man wohl extra dafür konfigurieren, dass er sowas macht. Soll heißen: Es ist möglich, aber man muss Zusatzmodule benutzen, die sagen was mit der Datei passieren soll.