Am unproblematischten ist unter Vista der LocalAppData-Ordner sprich der Ordner für Anwendungsdaten im eigenen Profil.
Falls die Daten benutzerunabhängig gespeichert werden sollen, ist der CommonAppData-Ordner die beste Wahl, wobei Du dann entweder Dein Programm als Admin starten musst oder allen Benutzern für den entsprechenden Unterordner Schreibrechtet geben musst, da ansonsten die Virtualisierung von Vista zuschlägt.