Eine Frage pro Thread...
Deshalb wird das hier vermutlich auch gleich geschlossen.
Zu den temporären Dateien:
Das herunterladende Programm muss danach die Datei im temp-Ordner doch nur löschen.
Heißt: Wenn du die Datei heruntergeladen und verschoben hast, dann kannst du die temporäre ja löschen.
// EDIT:
Es hörte sich fast so an als sollte das heruntergeladene Programm selbst etwas machen. Aber dafür muss es ja erst komplett sein und gestartet worden sein.
Nach dem Starten könntest du es woanders hinkopieren und die neue Exe mit einem Parameter starten, der ihr sagt, dass sie die temporäre Datei löschen soll.