Ich würde Dir ernsthaft empfehlen einfach mal selbst eine
PE Unit zu schreiben, mit denen Du bestimmte Grundfunktionen implementierst (IAT, EAT, Sections enumerieren und editieren; Header auslesen und modifizieren). Zum einen weil die
PE Unit die Du derzeit verwendest, einfach nur schlecht ist und zum anderen weil Du nicht lernst wie das
PE Format aufgebaut ist, wenn Du fremde Sourcen änderst
.
Ansonsten wäre das Anhängen einer neuen Section bzw. das Vergrößern der letzten Section der "Standardweg". Die anderen Sections kannst Du prinzipiell als "array of byte" sehen und entsprechend Deines "Vertauschalgorithmus" lustig die Bytes hin und her tauschen.
Ich sag aber gleich, daß sehr viele
AV Programme Deine produzierten Dateien via Heuristik als infiziert flaggen werden.