Das ist kein Bug, sondern ein
Feature. Wenn Deine
Win32 Applikation auf \Windows\System32 zugreifst, landen Deine Zugriff nicht in System32 sondern in SysWOW64. Nähere Details inkl. einer Möglichkeit als Anwendung diese Virtualisierung abzuschalten, gibts ebenfalls auf der oben verlinkten Seite.