Dein SplashScreen ist aber nicht auf StayOnTop, oder?
Wenn doch: Wen willst du denn mit dem Programm ärgern?
Du kannst mittels Application.NormalizeTopMosts diese Fenster vorher zurückpfeifen und nach dem Dialog mit RestoreTopMosts wiederherstellen.
Benutzen würde ich so ein Tool allerdings nicht. Ein SplashScreen auf StayOnTop ist ungefähr eine der nervigsten Sachen, die es gibt.