das Problem ist ja, das Windows nicht nur den zu messenden Code ausführt, also zwischendurch auch mal das Programm anhält und schnell mal ein paar andere Programme bearbeitet.
außerdem funkt z.B. die Cache, und andere Hardware dazwischen und bremst etwas.
einzige Lösung:
mehrere Meßdurchgänge und den Durchschnitt berechnen.
PS: hier war's jetzt nicht nötig, daß das Füllen des arrays mit Zufallszahlen schon genug die CPU auslaßtet, aber z.B. 
hier hab ich am Anfang extra noch eine "sinnlose" Berechnung durchführen lassen (also 'ne "nutzlose" Schleife), da meine CPU dynamisch getaktet ist und ich sie erstmal auf Touren bringen muß, damit die nachfolgenden Berechnungen alle etwa die gleiche CPU-Geschwindigkeit bekommen.