Ich dachte du willst das zweite Programm ersetzen? Was willst du dann hooken, wenn das zweite Programm gar nicht läuft?
Möglichkeiten das Ziel zu bestimmen gibt es einige. FindWindow per Fensternamen, eine global per Namen registrierte Botschaft, ...
Du könntest einfach einmal versuchen den Fenstertitel des Fensters zu benutzen, an den die Botschaften gehen.