Nimm CreateProcess oder ShellExecuteEx, dann bekommst du auch ein
Handle, mit dem du etwas mit dem gestarteten Programm machen kannst. So kannst du dessen Fenster mit EnumChildWindows durchsuchen und wo WS_EX_APPWINDOW gesetzt ist, dieses Flag entfernen oder wieder setzen. Dadurch schaltest du den Taskleisteneintrag um.