Ich würde es auch in Dateien verwalten. In der Datenbank hat PHP-Code, der ausgeführt werden soll, meiner Meinung nach nichts verloren. Außerdem kostet das Performance, da du den Code vermutlich aus der
DB holen, temporär speichern und dann einbinden musst.
Teile es strukturiert in Dateien/Verzeichnisse auf und binde das dann ordentlich ein. Dann bleibt's übersichtlich. Und auf die Weise kannst du jede Projekte realisieren. Ein "zu groß" gibt's da nicht.
Grüße