Ich kenne jetzt die genaue Ereignisreihenfolge nicht auswendig, aber das Formcreate kommt noch vor Application.run.
Das Close sendet sicher eine Nachricht aus, die dann von der Anwendung bearbeitet wird.
So wie Du es beschreibst, brauchst Du das Formular doch überhaupt nicht. Schmeiß es aus dem Projekt raus (Strg+Alt+F11) und schreibe deinen Quelltext in die Projektdatei rein (Projekt->Quelltext anzeigen) oder füge dem Projekt eine einfache
Unit hinzu und mach dort Deinen Quelltext.
Edit: Dein Quelltext sähe dann in einem Beispiel so aus:
Delphi-Quellcode:
program Project1;
uses
dialogs; // nur für das Showmessage benötigt
begin
showmessage('');
{ Du würdest dann an dieser Stelle Deine eigene Prozedur aufrufen. Ist diese fertig, ist das Prog automatisch beendet.
end.