Auf was für eienm System soll das ganze Laufen? Für Consumer Windows könnte es schon kritisch werden.

Was die CPU Last angeht: So lange deine Threads Rechenzeit abgeben, wenn sie von anderen Prozessen gebraucht wird, ist alles in Ordnung. Warum sollen sie nicht 98% der CPU Zeit nutzen. Lass sie arbeiten, dafür hast du sie gekauft.

Welche Priorität haben deine Threads?

Was sich auch günstig auswirkt ist eien Sleep(0) am Ende jeder Threadschleife, dadurch geben sie nicht mehr benötigte Rechenzeit freiwillig ab.

Die Timer im primären Thread mußt / kannst du nicht synchronisieren. Desweiteren würde ich dir raten auf Threads umzusteigen, da Timer deine Anwendung immer lahm legen, so lange das Timer Ereigniss abgearbeitet wird.

Und wichtig: Immer synchronisieren entweder mit der Synchronize-methode des Thread-Objektes, CriticalSections oder atomare Funktionen wie die InterLockedExchange Funktionen.