Dies Problem ist mitlerweile gelöst und falls noch jemand ein ähnnliches Problem hat hier meine Lösung.
Code:
;Installationspfad in Kleinbuchstaben umwandeln
${StrCase} $R0 $INSTDIR "L"
StrCpy $INSTDIR $R0
;Programmverzeichnis in Kleinbuchstaben umwandeln
${StrCase} $R0 $PROGRAMFILES "L"
StrCpy $ProgDir $R0
;Prüfen ob die Anwendung im Programmverzeichnis installiert werden soll
${StrLoc} $R0 $INSTDIR $ProgDir ">"
${IF} $R0 == 0
MessageBox MB_OK "Programmverzeichnis ist in Installtionsverzeichnis enthalten!"
${ELSE}
MessageBox MB_OK "Verzeichnis nicht enthalten!"
${ENDIF}