Für die Ordner: Such mal nach Truecrypt. Damit kannst du eine beliebig große Datei (Container) machen, die du dann mit Passwort als Laufwerk oder Ordner einbinden kannst. Darin ist dann so viel Speicher verfügbar, wie groß die Datei ist.
Edit:
Oder willst du das selbst programmieren? (wahrscheinlich schon, deshalb dieses Forum
)
Da würde ich einfach sowas wie WinRAR machen, nur ohne komprimieren, dafür Verschlüsselung. Das geht auch gleich mit WinRAR.