In .Net gibt es etwas viel schöneres namens Reflection. Damit kannst du mit deinem Code eigentlich machen was du willst. Hooks sollten nicht besonders schwer sein.
Wenn du aber die WinAPI hooken willst, musst du dafür zuerst mal eine Brücke zwischen managed und unmanaged schlagen. Da fällt immer das Stichwort "P/Invoke". Frag mich jetzt aber nicht was das bedeutet...
Obiges hilft dir alles nicht weiter
http://de.wikipedia.org/wiki/.NET_Reflector
Sollte theoretisch vollauf reichen, um die anwendung zu dekompilieren, das erstellen der datei abzustellen und das ding wieder zu kompilieren. C#-Kommandozeilencompiler gibt es frei verfügbar von Microsoft.
Lukas Erlacher
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For it is the chief characteristic of the religion of science that it works. - Isaac Asimov, Foundation I, Buch 1