Am Timer liegt es sicher nicht.
Imho sieht es so aus, dass dein Rechner bei speziellen Aufrufen so stark ausgelastet wird, dass erst mal gar nichts geht. Programme laufen standardmäßig immer mit mittlerer Taskpriorität. Somit kann dein eigentlicher Code den Rechner nicht wirklich ausbremsen (zumindest in einer einfachen Schleife). Das erkennt man daran, dass dein eigenes Fenster "einfriert" aber Windows weiter bedienbar bleibt.
Ich vermute, dass deine IO-Zugriffe schuld sind. Ist aber nur eine Vermutung. Du solltest mal schauen, bei welchen Vorgängen, Zugriffen das so ist. Also nehm dir mal alle IO-Zugriffe vor und teste mal welcher unter Umständen den Rechner blockiert.
Gruß oki