Hmmm,
die Timer-Funktionalität wird also nur genutzt, wenn das Programm ins Tray gesetzt ist - sonst nicht?! Nach einer Stunde ändern sich die Intervalle?
Hilft es vielleicht, wenn du mit jeder Deaktivierung des Programms den Timerintervall neu setzt? Aber das wäre irgendwie ein "herumdoktern am Symptom" - seltsam