Relativ einfach:
Du kannst auch im Header-Bereich der Seite dynamisch Änderungen vornehmen.
Einfach:
<head runat="server">
eintragen und dann im Headbereich in den Link wo das CSS-File eingebunden wird ein asp:Literal Control einsetzen. Den Inhalt dieses Literals (Pfad zur CSS-Datei) kannst Du sogar noch im OnPreRender Event ändern (die gesamte Seite inkl. Header (und damit auch das Literal mit dem CSS-Pfad) wird ja erst im OnRender Ereignis in
html-Quellcode gerendert.