Schau mal in die .lpi-Projektdatei, dort werden die breakpoints gespiechert, zB:
XML-Code:
<Debugging>
<BreakPoints Count="1">
<Item1>
<Source Value="telnet.lpr"/>
<Line Value="53"/>
</Item1>
</BreakPoints>
Es sollte reichen das Item-Dingens zu löschen und breakpoints Count enstsprechend anzupassen
btw: Welche Lazarus-Version verwendest du?