Das ist -auf gut Deutsch!-
Wurscht! Wenn das Programm ein Fenster hat, das man killen kann, dann ist es egal ob´s sichtbar und unsichtbar ist. Ich hatte bisher bei solchen Aktionen noch keine Probleme. Zeig doch mal den Code, den du ausprobiert hast.
Du musst natürlich auch das richtige Fenster schließen. Wenn deine Hauptform nicht sichtbar ist, dann darfst du auch keine andere Form (ein Optionsfenster oder so was) schließen wollen. Das mag gehen, aber die Hauptform wird trotzdem aktiv bleiben - was ja irgendwo auch logisch ist.
Ansonsten nach
Prozess Snapshot suchen und diesen Weg mal ausprobieren.