GNU Diff hat wahrscheinlich die ausgefeiltesten Algorithmen zum Vergleich von Textdateien.
Das Problem ist nur, dass du dich in die Unzahl der Aufrufparameter einfuchsen musst.
Hier die Doku:
http://www.gnu.org/software/diffutil...mono/diff.html
Man merkt halt schon, dass das Tool von und für "hardcore Linux Freaks" gebaut wurde.
Exe + Source für Windows:
http://gnuwin32.sourceforge.net/packages/diffutils.htm
Hier noch ein Vergleich einiger Tools:
http://www.thefreecountry.com/progra...mparison.shtml
Ich finde das CSDiff recht gut.