Habe es schließlich hinbekommen. Ich habe die
MSI Datei nach einem CAB Header gescannt und alle Daten inklusive des Headers in eine neue Datei per Hex Editor kopiert. Die dadurch entstandene CAB Datei konnte ich entpacken und die Zieldatei anpassen. Das ganze habe ich dann wieder in die CAB Datei zurückgeschrieben und alle Daten innerhalb der
MSI Datei vom CAB Header an mit Denen der neuen CAB Datei überschrieben.
Das es geklappt hat wundert mich allerdings selber