Nein. Dem PHP-Interpreter ist es vollkommen egal, WO etwas deklariert ist.
Demnach merkt er sich auch keinerlei Informationen darüber, was in welcher Datei steckt. Du kannst also nicht herausfinden, was (bzw. in Deinem Fall: Wieviel) in einer Datei steckt.
Ist eine PHP-Datei einmal inkludiert, dann ist sie auch interpretiert und deren Inhalt steht dem Programm zur Verfügung bzw. wird direkt ausgeführt.
Das heisst, die einzige Möglichkeit etwas ungeschicktes zu verhindern wäre tatsächlich, die Datei vor dem includieren zu analysieren und erst zu laden, wenn sie den Anforderungen genügt.
Andererseits: Wieso willst Du den Modulen vorschreiben, nur aus einer Klasse zu bestehen? Wenn es Sinn macht, das ein Modul irgendwelche Helferklassen einsetzt, dann solltest Du als Frameworkentwickler den Modulentwickler nicht dazu zwingen, von guten
OOP-Stil abzuweichen und alles in eine Klasse zu zwängen, sondern ihm die Freiheit lassen, ggf. mehrere Klassen zu definieren die er dann benutzt.