Fürs erste scheint es mir, als wären zwei Manifeste eingebunden - evtl. das alte XP Manifest? Wenn das Vista-Manifest genutzt wird, dann wird die Virtualisierung nämlich ausgeschlten.
Zum Thema HKEY_LOCAL_MACHINE - nur wer dort Rechte hat (i.A. Adminstratoren) darf dort etwas eintragen, da hilft auch kein asInvoker-Manifest weiter.
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
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