.Exe in Anwendung erstellen

[Neotracer64]

Es ist möglich.
Aber nicht so einfach wie du denkst. Bzw. kommt es noch viel detaillierter auf deine Anforderungen an, welchen Weg du wählen kannst.
Ich denke mir mal eine verhältnismäßig leichte Implementation aus.
Eine einfache Beispiel-Lösung:

Man erstellt die fertige Exe, die alle Features enthält, aber erstmal nichts anderes tut ausser eine konstante hardcodierte Tabelle nach Adressen durchzusuchen, und wenn ein Eintrag der Tabelle kein Nullpointer enthält, dann wird diese Adresse gecalled.
Diese Addressen zeigen alle auf Prozeduren, die jeweils ein Feature darstellen.

Diese Exe inkludiert man in seinen Builder (als ByteArray oder als Ressource).
In dem Builder sucht sich der User nun die jeweiligen Funktionen der Exe mit Checkboxen aus.
Dann wird ersteinmal die "ganze" Exe mit allen Features aus dem Speicher in eine Datei geschrieben.
Nun wird zu jedem Feature, welches der User nicht ausgewählt hat, der passende Eintrag in der Tabelle (in der eben extrahierten EXE) nachgeschaut und geNULLt, sodass das Feature dort nicht vorhanden ist.
Die fertige exe hat am Ende zwar noch alle Features enthalten, führt aber nur die ausgewählten aus.