Ich hab zwar auch keine Ahnung , aber ich lasse mich einfach gerne beschimpfen, deswegen hier der Versuch mal
gemeinsam darüber Nachzudenken.
-Wie wäre es mit einem Dienst der sporadisch die Richtigkeit des Manifest überprüft und es bei Veränderung wieder herstellt?
-dem User Schreibrechte im Ordner der Exe Datei entziehen. Dann dürfte in dem Ordner nur EXE und Manifest liegen.