Was die Frage "Eigene Dateien" oder "Anwendungsdaten" angeht: Egal wie es andere machen, schonmal darüber geärgert, dass irgendeine blöde Anwendung die Dateien in "Eigene Dateien" gespeichert hat? Eben. Also müssen wir das ja nicht auch machen
Visual Studio macht das zum Beispiel, weil darin z.B. die Projekte, Addins, Templates etc. des Benutzers liegen und er mit diesen auch arbeitet. Nicht wirklich schön, aber verständlich. Dateien / Ordner, die der Benutzer nicht anfassen soll, gehören da aber nicht hinein.
In dem verlinkten Artikel schreibt Raymond Chen übrigens nicht, dass man keine INI-Dateien mehr verwenden sollte, weil sie doof sind - er schreibt, dass man die Registry statt der INI-Dateien verwenden sollte. Über
XML-Dateien schreibt er dann auch noch.
Viele Benutzer mögen es zwar nicht, wenn ein Programm in die Registry schreibt, aber eigentlich ist es der vorgesehene Ort für Programmeinstellungen und ähnliches, und zwar aus den von Raymond Chen genannten Gründen. Wenn man das aber nicht machen möchte, sondern lieber in einer Datei, dann nicht aufhalten lassen - das Format spielt keine große Rolle (abgesehen von eventuellen Anforderungen der Anwendung, für hierarchische Informationen ist
XML sicher besser als INI). Aber bitte, bitte: Programmeinstellungen, Caches oder ähnliches gehören nicht in "Eigene Dateien". Es ist schlimm genug, dass man zum Beispiel einen "EA Games"-Ordner darin hat, weil Spielstände ja unbedingt in "Eigene Dateien" liegen müssen...
Ansonsten schadet es natürlich nicht, den Benutzer zu fragen. Je nach Nutzergruppe aber nicht gerade beim Start (Benutzer mögen ja keine Fragen und fühlen sich durch eine Frage, die sie nicht verstehen, belästigt, während Power User sich darüber freuen), aber man kann diese Möglichkeit ja im Einstellungsdialog vorsehen. Da kann man dann gegebenenfalls auch benutzerdefinierte Ordner zulassen. Sinnvollerweise aber nur die Möglichkeiten anzeigen, die funktionieren werden (also z.B. Programmordner anbieten, falls er beschreibbar ist).
Das mal als meine Meinung als Benutzer.