Du könntest erstmal explizit den ID3v1 und v2-Tag entfernen, damit dürftest du schon recht oft alles weg haben. Soweit ich weiß, kann unmittelbar vor dem ID3v1-Tag noch ein Lyrics-Tag oder anderes Zeug stehen, was ich mir noch nicht genauer angeguckt habe.
Auf der sicheren Seite bist du, wenn du nach dem ersten MPEG-Frame suchst, dessen Größe bestimmst und nachsiehst, ob da wieder ein MPEG-Frame kommt. Wenn nicht, ist entweder die Datei unkomplett/fehlerhaft, oder du hast das Ende der Musik gefunden.
Infos darüber gibts z.B.
hier und
hier. Für Probleme mit MPEG2-Dateien (eigentlich keine mp3-Dateien, das ist ja MPEG 1 Layer 3) ggf. noch
das. Umgesetzt habe ich das z.B. in meinen mp3FileUtils.