Warum willst du den Registryeintrag überhaupt verstecken? Ist doch egal wo er in der Registry steht - sowas bekommt auch ein relativ unerfahrener Benutzer heraus, wenn er Tools wie Regmon benutzt und sich ansieht, welche Registryeinträge von deinem Programm benutzt werden. Also spar dir die Mühe schreib's ganz normal wie jedes andere Programm in
HKCU\Software\Programmname
Seeya