Öffne doch mal die *.pas Dateien mit einem "normalen" Texteditor (PSPad, etc.) und prüfe ob wirklich alle Zeilen mit einem CR/LF abgeschlossen wurden.
So ein komisches Verhalten hatte ich seinerzeit mit einem
PAS File, welches im Code ein Paar CR (ohne LF) Zeilen drin hatte. Die Delphi
IDE hat diese Zeilen nie angezeigt.