Konzeptfrage: Gleiche Codebasis, Kundenspezifische Anpassung

[Der_Unwissende]

Da würde ich Bernhard zustimmen.
Bedingte Kompilierung wird schnell etwas unschön (und unübersichtlich), da man dann immer gucken muss, was sich in welchem Scope befindet und wann mitkompiliert wird. Das mit dem Plugin-System kannst Du aber auf ähnliche Art und Weise umsetzen. Zum Beispiel eine abstrakte Klasse / ein Interface schaffen, in dem die Methoden, die sich unterscheiden können abstrakt sind. Für jeden Kunden kannst Du dann eine Implementierung entwerfen.
In Deinem Projekt kannst Du dann mittels dem Factory-Pattern entscheiden, welche Implementierung verwendet werden soll.

Gruß Der Unwissende