Warum verwendest du nicht
XPath, um den Knoten aufzuspüren?
http://www.w3schools.com/xpath/default.asp
Deine Struktur ist etwas blöd, da du die Tags <Gruppe1>, <Gruppe2> und <Gruppe3> benützt.
Richtig wäre nur <Gruppe> zu benützen.
Hier wäre der XPath für eine bestimmte Gruppe mit Namen "Admin"
Code:
//MWLPreferences/Gruppen[Gruppe="Admin"]
Vorgehensweise:
1.) Knoten mit XPath lokalisieren (Methode SelectSinglenode)
2.) falls gefunden, Parent zu diesem Knoten holen
3.) parent.RemoveChild(derKnoten)