Ich hab jetzt keinerlei Erfahrungen mit InnoTables, aber schau dir mal das Prog mysqldump an, das im
mysql\bin-Verzeichnis ist. Öffne die Konsole, geh in den entsprechenden Ordner (sofern er noch nicht im Suchpfad ist) und ruf das Programm auf. Dort kriegst du alle möglichen Befehle angezeigt, vielleicht ist da was dabei.