Na wenn du die Zeit und die Lust dazu hast, tuh es einfach so machen wie du es willst.
Speichere deine Koordinaten so wie du es brauchst zB. in Array welches du dann
mit einem (Zip) Algo. komprimieren kannst um dieses auf die Festplatte als Datei zu schreiben.
Eine Andere Sache ist, wie erstellst du deine 3D-Modelldateien und wie bekommst du sie dan in dein Format. Arbeitest du mit
DirectX nimm das .x Format, ist sehr einfach und sauber Aufgebaut.