Das Manifest sorgt dafür, das die Standard-Controls im Style der vom User gewählten Oberfläche gezeichnet werden (XP und Vista). Die Manifest-Datei ist eigentlich nur eine
XML-Datei die als Resource mit ins Programm eincompiliert wird. Bei Vista werden darüber hinaus noch die Rechte deines Programms ermittelt (Stichwort Zertifizierung).
Näheres findest du u.a. in den Videos von Daniel zu D2007