Ich würde das Linux auf eine bootfähige CD brennen und dann als Image-Datei abziehen.
Damit ist der Bootsektor inkl. gesamter Dateistruktur in einer Datei.
Diese Datei muss dann auf den USB-Stick.
Dazu könnte man z.B. Disk Image NT 1.2 verwenden:
http://www.michael-puff.de/Developer...ImageNT1_2.zip
PS: Leider unterstützt das Programm nur Drive A: und B: ; man muss da wohl im Sourcecode nachhelfen.