Ich hatte eine ähnliche Erfahrung nach der Installation von Vista neben XP, wenn ich unter Vista als Admin auf die Eigenen Dateien der XP-Installation zugreifen wollte. Eine einfache Lösung dafür war, einfach die Rechte für mich zu setzen, das ging als Administrator. Ob das in deinem Fall hilft, wage ich nicht zu beurteilen.
Eines unserer Programme greift übrigens ebenfalls auf Anwendungsdaten zu (über CSIDL_COMMON_APPDATA, wenn ich mich nicht irre, bzw. das Qt-Äquivalent dazu) und hat unter Vista ebensowenig Probleme wie unter XP, auch bevor ich das Vista-Manifest eingefügt hatte. Ich kann als Administrator diese Dateien ohne Probleme (und ohne
UAC-Anfrage, ist aber aktiviert) anschauen und verändern.