Wie kompilierst du die Anwendung denn? Über Start - Start (F9)? Oder Projekt - %Projektname% erzeugen (Umsch-F9)? Denn wenn ich mich recht erinnere wird nur beim zweiten die autom. Erhöhung der Build-Nummer durchgeführt.
//Edit @roter Kasten
Bernhard war schneller, aber zwei Vermutungen die sich decken sind ja schon mal ein Hinweis