Benutzerübergreifende Einstellungen:
HKLM / AllUsers
Benutzerspezifische Einstellungen:
HKCU / Benutzerverzeichnis
Und wenn das Programm mit Administratorenrechten läuft, dann wird da auch nichts umgebogen. Also Programm mit Adminrechten starten und die benutzerübergreifende Konfiguration machen und dann mit dem Programm als normaler Benutzer arbeiten.