Dein hoster soll das ja nicht löschen/erstellen ... du solltest ihn nur mal fragen ob er da was umstellen kann, oder ob er einen Tipp für dich hat, denn schließlich sollte er ja wissen was mit seinen Servern los ist.
Hatte damals (bei meinem alten Hoster ach mal dieses Problem) und da hat es geholfen, daß die was umgestellt haben, so daß PHP und
FTP die nötigen echte hatten.
PS: du kannst ja auch irgendwie per PHP den Besitzer umstellen ... vielleicht hast du (dein PHP) dafür die nötigen Rechte.
Also den Dateien/Verzeichnissen einfach den Besitzer verpassen, welchen die vom
FTP erstellten Ordner/Dateien auch haben.