Dann solltest du bei Linux mal den "kompatiblitäts Modus" für die
IDE-Controller abschalten, indem du den 32Bit Zugriff (meistent schon an) und v.a. den DMA aktivierst. Und dass beim Booten (/etc/rc.d/) und nicht erst wenn der Prompt erscheint.
hdparm -c 1 -d 1 -k 1 /dev/hda