Der Grund liegt darin das dann direkt an Application.Handle das wm_syscommand geschickt wird. Ich guck mal schnell ob die Lösung die mir vorschwebt da geht.
So, die Variante mit der Message musst du lassen. Damit wird verhindert dass, das Form minimiert wird. Wenn du in der Taskleiste drauf klickst wird das Minimieren an die Anwendung geschickt und muss somit dort verhindert werden:
Delphi-Quellcode:
procedure TForm1.ApplicationEvents1Message(var Msg: tagMSG; var Handled: Boolean);
begin
if (Msg.hwnd = Application.Handle) and (Msg.message = WM_SYSCOMMAND) and (Msg.wParam = SC_MINIMIZE) then
Handled := True;
end;