Naja, die -
msi's haben den Vorteil dass sie eine Installation komplett und sauber rückgängig machen können, die Software auch sauber unter Systemsteuerung->Software registrieren und dass das ganze eben einheitliche Schnittstellen zur Softwaredistribution nutzt.
Die einheitlichen Schnittstellen haben einen extrem großen Vorteil:
MSI-Packages kann man z.B. auch per Richtlinien in einem Netzwerk auf den Clients remote verteilen - das geht bei normalen selbstgebackenen .exe - Installern im Normalfall nicht.
Aber wie gesagt: Wenn Du z.B. diese remote-Installation nicht zwingend brauchst tut's auch ein InnoSetup-Projekt. Nur ist der Microsoft Installer schon ein schniekes Teil das einem wirklich ne Menge Arbeit abnimmt