Ich weiß: Dieser Thread ist extrem alt, der Vollständigkeit halber wollte ich ihn aber trotzdem ergänzen. Ich habe mir selbst einen Wolf gesucht um dieses Problem zu lösen und bin soeben auf eine extrem simple, aber funktionale Lösung gestoßen.
Das hier ist alles, was man dafür im Grunde braucht:
SetWindowLong(Handle, GWL_EXSTYLE, getWindowLong(Handle, GWL_EXSTYLE) or WS_EX_TRANSPARENT or WS_EX_LAYERED);
Das entscheidende ist die Style Konstante "WS_EX_LAYERED". Sie sorgt dafür, dass die Klicks an das darunter befindliche Fenster gehen und nicht mehr vom eigenen Fenster abgefangen werden.
Ich hoffe es wird dem einen oder der anderen von Nutzen sein.